La théorie de l’évolution qui germe dans la tête du jeune Charles Darwin pendant son grand voyage autour du monde à bord du Beagle fut pour lui une exaltante mais douloureuse initiation et pour l'humanité un bouleversement considérable dont elle n'a pas fini de ressentir l'onde de choc.
Lorsqu’il s'embarque, le 26 décembre 1831, à l'âge de 22 ans, le jeune Darwin sort d'études de théologie. Chrétien convaincu et obéissant, il part pour étudier la botanique et l'origine providentielle de la création. Mais peu à peu, au fil des mois et des pays traversés, il réalise que l’homme, remis à sa place parmi les autres créatures vivantes, ne pouvait être que le résultat d’un processus d’adaptation vieux de plusieurs millions d’années.

Mêlant tableaux vivants à bord d'un navire semblable au Beagle aux analyses des meilleurs spécialistes actuels du savant —Janet Browne, Jean Gayon, Peter et Rosemary Grant…— « Le grand voyage de Darwin » entraîne le spectateur dans son sillage pour redécouvrir le monde tel que Darwin l'a vu et compris.